İsmayıl Muxtar oğlu Hacıyev 21 yanvar 1951-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikası Culfa rayonunun Xanağa (indiki Xanəgah) kəndində, müəllim ailəsində anadan olmuşdur.

1958–1966-cı illərdə Xanağa kənd səkkizillik məktəbində, 1966-1968-ci illərdə Göydərə kənd orta məktəbində təhsil almışdır. 1970-1974-cü illərdə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun "Tarix" ixtisasında təhsilini davam etdirmiş, institutu bitirdikdən sonra Culfa rayonunun Xoşkeşin kənd səkkizillik məktəbində tarix müəllimi kimi fəaliyyətə başlamışdır. 1977-ci ildə Yusif Məmmədəliyev adına Naxçıvan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun Pedaqogika və Psixologiya kafedrasına müsabiqə yolu ilə assistent seçilmiş, 1978-ci ildə həmin institutda müəllimlik fəaliyyətinə başlamışdır. 1984-cü ildə İnstitutun Tarix-filologiya fakültəsinə dekan müavini, 1989-cu Sovet İKP və siyasi iqtisad kafedrasının baş müəllimi, 1994-cü ildə Naxçıvan Özəl Universitetinin elmi işlər üzrə prorektoru, 1995-ci ildə Naxçıvan Özəl Universitetin "İctimai elmlər" kafedrasının müdiri, 1996-cı ildə Naxçıvan Dövlət Universitetinin elmi işlər üzrə prorektoru, 1997-ci ildə Universitetin tədris işləri üzrə prorektoru, 15 yanvar 2003-cü ildə AMEA Naxçıvan Bölməsinin sədri vəzifəsinə təyin edilmişdir.

1986-cı ildə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının A.A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutunda dissertant təsdiq olunmuş, 1993-cü ildə Naxçıvan Dövlət Universitetinin Elmi Şurasında "Naxçıvan Muxtar Respublikası Azərbaycanın milli dövlətçilik tarixində" adlı doktorluq dissertasiyasının mövzusu təsdiq edilmişdir. "Azərbaycan tarixi" kafedrasının dosenti elmi adını almış (1995), "Naxçıvan Muxtar Respublikası Azərbaycanın milli dövlətçilik tarixində" mövzusunda doktorluq dissertasiyası (1999) müdafiə etmişdir.

AMEA-nın "Xəbərlər" jurnalının (Tarix, Fəlsəfə, Hüquq seriyası) redaksiya heyətinə üzv (2004), AMEA Naxçıvan Bölməsinin "Xəbərlər" jurnalının baş redaktoru (2006), "Tarix və onun problemləri" jurnalının redaksiya heyətinə (2006), AMEA A. A. Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun “Elmi əsərləri”nin redaksiya heyətinə (2006), "AMEA-nın Xəbərləri" (ictimai elmlər seriyası) jurnalının redaksiya heyətinə (2007), "AMEA-nın Məruzələri" jurnalının redaksiya heyətinə (2007, 2013), "Azərbaycan arxeologiyası" jurnalının redaksiya heyətinə (2010), "Elm və həyat" jurnalının (2011) redaksiya heyətinə üzv seçilmişdir

İsmayıl Hacıyev Azərbaycan tarixinin aktual problemlərinə dair 600-ə yaxın elmi əsərin, o cümlədən 42 kitabın, 15 monoqrafiyanın, 300-dən artıq elmi-kütləvi məqalənin müəllifidir. Alimin həmmüəllifliyi ilə "Naxçıvan ensiklopediyası" (2 cilddə), "Naxçıvan abidələri ensiklopediyası", "Naxçıvan tarixi atlası", "Naxçıvan tarixi" (3 cilddə), "Naxçıvan coğrafiyası" (2 cilddə), "Naxçıvan etnoqrafiyasi"" (2 cilddə) fundamental əsərləri hazırlanmış,  onun rəhbərliyi ilə 21 nəfər tədqiqatçı fəlsəfə doktoru, 10 nəfər isə elmlər doktoru dissertasiyası müdafiə etmişdir. 30-dan çox ölkədə keçirilən 60-a yaxın beynəlxalq sammit, qurultay, konqres, konfrans, simpozium və digər elm tədbirlərində məruzə etmişdir.

Elmi tədqiqatla yanaşı, ictimai-siyasi fəaliyyətlə də məşğul olan alim Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisinin II çağırış, Azərbaycan Milli Məclisinin III, IV çağırış deputatı seçilmiş, həmçinin Parlamentin İnsan Hüquqları Komitəsinin üzvü olmuşdur. Azərbaycan Respublikasının elm, texnika, memarlıq, mədəniyyət və ədəbiyyat üzrə Dövlət Mükafatları Komissiyasına üzv (2013, 2016, 2018, 2020)  təsdiq edilmiş, Respublika Elmi Tədqiqatların Əlaqələndirilməsi Şurasına üzv (2014, 2018, 2020), "Dünya dini liderlərinin II Bakı sammiti"nin keçirilməsi ilə əlaqədar yaradılmış Təşkilat Komitəsinə üzv (2019), Yeni Azərbaycan Partiyası Naxçıvan Muxtar Respublika Təşkilatı Siyasi Şurasının tərkibinə yenidən üzv (2019) seçilmişdir.

Səmərəli fəaliyyəti ilə daim seçilən İsmayıl Hacıyev Sumqayıt şəhəri 2№-li İxtisaslaşmış Mexanizasiya İdarəsinin Fəxri Fərmanı (1970), SSRİ Ali və Orta İxtisas Təhsili Nazirliyi və Ümum-ittifaq Gənclər İttifaqının "Əla təhsilə görə" nişanı (1974), Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutun rektorluğunun Fəxri Fərmanı (1974), SSRİ Təhsil Nazirliyi və Ümumittifaq Həmkarlar İttifaqı Komitəsinin "1976-cı ildə Sosializm yarışının qalibi" nişanı, Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin Fəxri Fərmanı (2001), ABŞ Bioqrafiya İnstitutu tərəfindən "İlin adamı" adına (2002), Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin Fəxri Fərmanı (2003), Azərbaycan Parlamentinin yaranmasının 90 illiyi ilə əlaqədar Yubiley medalı (2008), ABŞ-ın Bioqrafiya İnstitutunun Qızıl medalı (2008), "Əməkdar elm xadimi" fəxri adı (2009), Türkiyə Cümhuriyyəti Avrasiya Kültür və Sənət Qurumunun mükafatı (2009), Hüseyn Qazi Kültür və Sənət Vəqfinin mükafatı (2009), Avrasiya Qəzetçiləri Dərnəyi, İctimai Fikir Fondu, İctimai Nəzarət Mərkəzi, "İctimai Rəy" Analitik Mərkəzi tərəfindən "Qız qalası" Milli Mükafatı (2010), ABŞ Bioqrafiya İnstitutu tərəfindən Azərbaycan və dünya elmində qazandığı nailiyyətlərə görə Qızıl medal (2010), Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının Fəxri Fərmanı (2011, 2021), Naxçıvan Muxtar Respublikasında elm və təhsilin inkişafındakı xidmətlərinə görə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Fəxri Fərmanı (2011), Beynəlxalq Türk Akademiyasının Təşəkkürnaməsi (2012), "Lider" Beynəlxalq ictimai-siyasi publisistik jurnalı tərəfindən "Heydər Əliyev" mükafatı (2014), Azərbaycan Kütləvi İnformasiya Vasitələri İşçilərinin Həmkarlar İttifaqı tərəfindən "Xalqın nüfuzlu ziyalısı" mükafatı (2014), Avropa nəşr Mətbuat Evi tərəfindən "Ən yaxşı vətənpərvər tədqiqatçı alim" Qızıl medalı (2016), Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 100 illiyi (1918–2018)" yubiley medalı (2018), Naxçıvan şəhərinin İslam mədəniyyətinin paytaxtı Xatirə medalı (2018), Ümummilli lider Heydər Əliyevin 90 illik yubileyi münasibətilə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Xatirə qızıl medalı (2019), Dünya Türk Akademiyası və Qırğızıstan İssik-Kul Dövlət Universiteti tərəfindən "Manas"ın mirasçıları: Türk dünyası mədəniyyətinə xidmət mükafatı (2019),  "Naxçıvan Azərbaycanın dövlətçilik tarixində" monoqrafiyasına görə elm sahəsində Naxçıvan Muxtar Respublikası mükafatı (2019), Naxçıvan Muxtar Respublikasında elm sahəsində səmərəli fəaliyyətinə görə "Naxçıvan Muxtar Respublikasına xidmətlərə görə" nişanı (2021), "Şöhrət" ordeni (2021), "Şərq qapısı" qəzetinin 100 illiyi ilə əlaqədar plaket və yubiley hədiyyəsi (2021), Naxçıvan Dövlət Universitetinin Fəxri Fərmanı (2021)  və "Heydər Əliyevin 100 illiyi (1923–2023)" yubiley medalı (2024) ilə təltif edilmişdir.