Onomastika şöbəsində Naxçıvan ərazisindəki onomastik vahidlər toplanaraq tədqiqata cəlb edilmiş, onların elmi linqvistik xüsusiyyətləri təhlil olunmuşdur. Şöbənin əməkdaşları tərəfindən indiyədək 11 monoqrafiya, 1 kitab, həmmüəlliflik əsasında yazılan 6 ensiklopediya və 440-a yaxın elmi məqalə nəşr edilib. Şöbənin elmi nəticələri “Qədim Şərur oykonimlərinin mənşəyi” və “Naxçıvan əhalisinin etnogenezi tarixindən” (I cild) adlı monoqrafiyalarda əksini tapmışdır. 2017-2019-cu illərdə bu istiqamətdə tədqiqatlar genişləndirilməklə “Naxçıvan əhalisinin etnogenezi tarixindən” (II cild) və “Naxçıvan makrotoponimlərinin linqvistik xüsusiyyətləri” adlı əlavə iki monoqrafiya nəşr edilmişdir. Burada Naxçıvan ərazisindəki onomastik vahidlər geniş tədqiq edilməklə yeni elmi faktlar üzə çıxarılmışdır.

   2023-cü ildə “Qədim Naxçıvan – Naxər ölkəsi türklərinin mifoloji inancları və bu miflərin yayım arealı” (I cild) və 2024-cü ildə II cildi işıq üzü görüb. Bununla bağlı məqalələr xarici dillərə tərcümə olunmaqla xarici elmi jurnallarda dərc edilmiş, ərazinin türklərə məxsusluğu faktlarla sübut edilmişdir. Bu tədqiqatlar zamanı başqa xalqlara aid edilmiş Hürrü, Kuti, Kəngər, Maq, Sak, Doray və s. tayfaların türk tayfaları olması, onların tarix səhnəsindəki yerləri, yayıldıqları ərazilər tarixi faktlarla təsdiq olunmuşdur.

   Şöbəyə filologiya elmləri doktoru, dosent Firudin Həsən oğlu Rzayev rəhbərlik edir.