Folklorşünaslıq şöbənin əsas fəaliyyət istiqaməti Azərbaycan folklorunun və milli-mənəvi dəyər irsinin toplanması, sənədləşdirilməsi, elmi şəkildə təsnif edilməsi və nəşr olunmasını əhatə edir. Bu proses əsasən Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisini əhatə edir. Naxçıvan folklor örnəklərinin variantlarının və qaynaqlarının müəyyənləşdirilməsi, onların tarixi inkişaf mərhələlərinin araşdırılması, nəzəri problemlərinin öyrənilməsi də şöbənin mühüm vəzifələrindəndir.

   Şöbə Azərbaycan, bu kontekstdə isə Naxçıvan folklorunun lokal, regional, etnik, milli və ümumbəşəri xüsusiyyətlərini tədqiq edir, folklor sahəsində aparılan araşdırmaları əks etdirən kitab və monoqrafiyaların, eləcə də zəngin folklor antologiyalarının hazırlanması istiqamətində fəaliyyət göstərir. Fəaliyyət çərçivəsində folklor ekspedisiyaları təşkil olunur, toplanmış materiallar təhlil edilərək janrlar üzrə sistemləşdirilir, audio və video nümunələr qorunaraq elmi dövriyyəyə daxil edilir.

Şöbə mütəmadi olaraq respublikada folklor örnəklərinin toplanması işi ilə məşğul olur. Kütləvi informasiya vasitələrində Naxçıvan folklor mühitinin dünəni, bu günü və gələcəyi haqqında elmi-nəzəri biliklərlə ictimaiyyətin məlumatlandırılması da şöbənin əsas fəaliyyət istiqamətlərindən biridir.

   Şöbəyə filologiya üzrə fəlsəfə doktoru, dosent Aytən Cəfər qızı Cəfərova rəhbərlik edir.