Qafqaz tarixi şöbəsinin fəaliyyətinin əsasını regionun mürəkkəb geosiyasi arxitekturasının, sosial-siyasi cərayanının və tarixi-mədəni qatlarının ətraflı şəkildə tədqiq edilməsi təşkil edir. Şöbənin işi fundamental elmi tədqiqatlarla məhdudlaşmır, çağdaş dövrün çağırışlarına cavab verən analitika və proqnozlaşdırma istiqamətlərini əhatə edir. Şöbənin fəaliyyəti, regionda cərəyan edən prosesləri təhlil etmək, bu proseslərin Azərbaycanın milli maraqlarına təsirini qiymətləndirmək və dövlət siyasətinin formalaşdırılmasına elmi-analitik dəstək verməkdən ibarətdir. Şöbənin fəaliyyətində xüsusi yer tutan əsas istiqamətlərdən biri də region ölkələrinin xarici siyasət kursunun və bu kursun qlobal güc mərkəzləri ilə qarşılıqlı əlaqəsinin təhlilidir.

   Qafqaz tarixi şöbəsi regiona marağı olan böyük dövlətlərin strateji hədəflərini, onların region ölkələri ilə münasibətlərindəki dəyişiklikləri və bu dəyişikliklərin regional təhlükəsizliyə təsirlərini diqqət mərkəzində saxlayır. Bu təhlillər zamanı təkcə rəsmi bəyanatlar deyil, həm də iqtisadi asılılıqlar, hərbi-siyasi ittifaqlar və qeyri-rəsmi təsir mexanizmləri də nəzərə alınır.

   Xüsusilə, 44 günlük Vətən müharibəsindən sonra regionda yaranmış yeni reallıqlar, kommunikasiya xətlərinin açılması perspektivləri və Zəngəzur dəhlizi kimi strateji layihələrin geosiyasi əhəmiyyəti şöbənin cari tədqiqat planının nüvəsini təşkil edir. Bu kontekstdə Naxçıvanın regional rolu və strateji əhəmiyyəti tədqiqatların ayrılmaz tərkib hissəsi kimi nəzərdən keçirilir. Naxçıvanın Türk dünyası ilə birbaşa coğrafi və siyasi bağ yaradan strateji mövqeyi, habelə Zəngəzur dəhlizi vasitəsilə Azərbaycanın əsas hissəsi ilə qurulacaq birbaşa quru əlaqəsi regionun gələcək iqtisadi və hərbi-siyasi mənzərəsini köklü şəkildə dəyişir. Şöbə Naxçıvanın muxtariyyət statusunun tarixi-hüquqi əsaslarını, xüsusilə Moskva və Qars müqavilələrinin müasir geosiyasi kontekstdə aktuallığını araşdıraraq, bölgənin təhlükəsizlik arxitekturasındakı yerini elmi dəlillərlə əsaslandırır. Ermənistanın onilliklər boyu həyata keçirdiyi blokada siyasətinə baxmayaraq, Naxçıvanın dayanıqlı inkişaf modeli və onun Azərbaycanın yaşıl enerji zonası kimi potensialı şöbənin analitik hesabatlarında xüsusi yer tutur.

   Şöbə xarici ölkələrin qabaqcıl beyin mərkəzləri, Qafqazşünaslıq institutları və müstəqil ekspertlər ilə sıx əlaqələr qurur. Müştərək layihələrin icrası, beynəlxalq konfrans və simpoziumlarda iştirak şöbənin elmi potensialının artırılmasına və Azərbaycan elminin dünyada tanınmasına xidmət edir.

   Şöbəyə Əli Kamal oğlu Tağıyev rəhbərlik edir.